項目管理機構是合同管理主體，項目管理機構的合同歸口管理部門為計劃財務部，項目管理機構各業(yè)務部門是合同承辦部門。

合同的簽訂應當由當事人各方的法定代表人或其授權代理人簽字，并加蓋當事各方單位的合同專用章（或法人公章），同時需提供法定代表人身份證明書;授權代理人簽字的，還應提供授權委托書。

合同變更是指合同標的、數量、質量、價款或者報酬、履行期限、履行地點和方式、違約責任和解決爭議方法等的改變。

合同終止時，承辦部門做好終止記錄，收集履行合同過程中所有與合同有關的文件，做好經濟往來和結算工作，辦理解除合同的手續(xù)，并將資料交計劃財務部保存。

合同的糾紛處理優(yōu)先采用和解或調解方式處理，和解或調解不成的，可選擇仲裁或訴訟。選擇仲裁作為解決合同糾紛方式的，應當在合同中約定仲裁條款或者單獨簽訂仲裁協議，明確約定仲裁事項和仲裁機構。

合同履行完畢，合同承辦部門向計劃財務部提交備案合同和合同履行的工作報告，經計劃財務部審查后，及時將所有合同檔案資料裝訂成冊，移交檔案部門存檔。